Detalle del congreso

Autores: Bulacio, Pilar; Spetale, Flavio; Angelone, Laura; Tapia, Elizabeth.

Resumen: La predicción de la función biológica de las proteínas es un problema relevante en el área de bioinformática. Diversas herramientas han sido desarrolladas con el fin de encontrar secuencias similares que estén anotadas. Sin embargo, cuando no se pueden encontrar secuencias similares, técnicas de minería de datos cuidadosamente desarrolladas pueden ser efectivas en la predicción de las funcionalidades de las proteínas. En particular, métodos de clasificación multiclase tal como el True Path Rule (TPR) pueden tener en cuenta la relación entre potenciales funciones descriptas dentro de la ontología Gene Ontology (GO), más específicamente, en la rama Molecular Function (MF) de GO. La consideración de la estructura relacional de la definición de clases funcionales de GO influye en dos puntos: i) En el diseño de los conjuntos de datos de entrenamiento de cada clasificador base (sobre cada nodo de GO); y ii) En la predicción global por consenso de la funcionalidad asociada a cada secuencia (que considera la estructura de grafo acíclico direccional). De esta forma, observamos que el diseño de la predicción es más complejo, puesto que debemos recorrer los grafos verificando la consistencia en la taxonomía de las anotaciones: si una muestra pertenece a una clase más específica (hija) debe pertenecer también a alguna clase que la generalice (padre). Asimismo, debemos notar también que la mayor complejidad en el diseño trae aparejado resultados multiclase consistentes con las definiciones de GO, lo cual brinda resultados más cercanos a los reales.

Tipo de reunión: Jornada.

Tipo de trabajo: Resumen.

Producción: PREDICCIÓN DE ANOTACIÓN FUNCIONAL MULTICLASE EN ONTOLOGÍA GO.

Reunión científica: VI Jornada de Ciencia y Tecnología 2012.

Lugar: Rosario.

Institución organizadora: Secretaría de Ciencia y Tecnología, Universidad Nacional de Rosario.

Publicado: Sí

Lugar publicación: Rosario

Mes de reunión: 11

Año: 2012.

Página web: aquí