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Eventos


28/08/2017
Taller de Análisis Bioinformático de Datos Generados por RNA-SEQ


Laboratorio de Informática del CIFASIS, CCT-CONICET, Rosario
29, 30 y 31 de agosto | 3 sesiones de 5hs
Objetivos
El objetivo de este taller es brindar las herramientas bioinformáticas necesarias para que los participantes puedan analizar datos de RNA-seq de forma autónoma y se familiaricen con los programas informáticos para cada una de las etapas de análisis.

Programa Sintético
Control de calidad y filtrado de secuencias. Eliminación de adaptadores previo al ensambrado. Ensamblado, análisis y anotación con y sin genomas de referencia. Determinación de expresión diferencial.

Docentes
Drs. Juan Rubiolo (Universidad de Santiago de Compostela, España)
Gabriela Vanina Villanova (FBioyF, UNR)
Flavia Krsticevic y Javier Murillo (CIFASIS, CONICET-UNR)

Coordinadores
Silvia E. Arranz (FBioyF, UNR)
Elizabeth Tapia (CIFASIS, CONICET-UNR)

Requisitos
El taller de posgrado/doctorado esta dirigido a graduados de universidades nacionales y extranjeras de carreras afines a las Ciencias Biológicas.

Cronograma del Taller y programa extendido

Día 1: 29 de agosto
Presentación-Introducción a RNA-Seq
Conceptos básicos. Tecnología disponible y aplicación de cada una.

Introducción al uso del sistema operativo UNIX por linea de comandos
Descripción de los comandos esenciales que permitan un manejo suficiente de los comandos necesarios para realizar los análisis posteriores.

Control de calidad, eliminación de secuencias adaptadoras y alineamiento de secuencias crudas (paired-end) generadas con Illumina utilizando un genoma de referencia
Presentación teórica y realización práctica de cada uno de los pasos.
Descripción de los tipos de archivos generados y utilizados por cada programa (BAM, SAM, BED, GFF, etc).
Programas a utilizar: FastQC, Trimmomatic, Bowtie, SamTools, TopHat. Día 2: 30 de agosto
Ensamblado, anotación y análisis de expresión diferencial de los datos generados durante el día 1.
Presentación teŕica y realización de práctica de cada uno de los pasos.
Programas a utilizar: Cufflinks, DESeq, Blast2Go.
Se intentará que todos los alumnos hagan los análisis en el mismo día, de no ser posible por cuestión de tiempo, se utilizarán los datos ya analizados. De ser posible se lanzarán los trabajos para el día 2 al final del día 1.

Día 3: 31 de agosto
Ensamblado, anotación y análisis de expresión diferencial sin genoma de referencia.
Presnetación teórica y realización de práctica de cada uno de los pasos.
Se utilizarán las secuencias a las que durante el día 1 se les hizo control de calidad y de las que se eliminaron las secuencias adaptadoras.
Programas a utilizar: TransAbyss, Cap3, DESeq.
Si es posible acceder al servidor del CESGA también se analizarán los datos usando TRINITY. Comparación de resultados con el ensambrado utilizando genoma de referencia que se obtenga durante los dias 1-2.

Laboratorio de Informática del CIFASIS, CCT-CONICET, Rosario
29, 30 y 31 de agosto | 3 sesiones de 5hs
Objetivos
El objetivo de este taller es brindar las herramientas bioinformáticas necesarias para que los participantes puedan analizar datos de RNA-seq de forma autónoma y se familiaricen con los programas informáticos para cada una de las etapas de análisis.













CIFASIS - Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas - CONICET - UNR
Ocampo y Esmeralda, S2000EZP Rosario, Argentina Tel.: +54 341 4815569, 4237248 int. 300 Email: secretaria@cifasis-conicet.gov.ar